Canoco 5 于 2012 年发布，现在是 5.15 版。Canoco 4.0-5.0 在过去 20 年中被引用超过 10,000 次（1998-2018，ISI Web of Science）。Canoco 5 实现了排序方面的许多最新进展，例如变体分区、协对应分析、基于距离的冗余分析和特征-环境关联的双重约束排序，但主要进步是在用户友好性方面。

在 Canoco 5 中，数据导入、分析和制作图表都集成在一个 Canoco 5 项目中。Canoco Adviser 有助于选择数据转换和分析方法。过去需要多次运行的数值分析现在可以通过单个分析模板使用，并且 Analysis Notebook 简明扼要地总结了结果并允许访问完整结果。现在，对一组数据表所做的所有分析都收集在 Canoco 5 项目中，共享分析和绘图设置。Canoco 5 有助于制作更好的出版质量的按立图。该手册在很大程度上进行了重写，并且更新和扩展了大量真实示例，以展示处理多变量数据的新方法。